Le Football Club d'Annecy est fondé en mai 1927 par René Veyrat, René Favre-Hoffer-Moschberger, Johanny Bolluz, Goerges Rulland, Georges Sonjon et Eugène Perron, entre autres...
Le premier président du club fut Louis Monnet.
En 1933, Jean Chatenoud est nommé président. Il restera à la présidence du club jusqu'en 1970.
Pour la saison 1934-1935, le club compte dans les rangs les Baud, Marquez, Gibault, Meyer, Gonthier, Geno ud, Colle, Guevin, Cruz, Nagy, Capparo, Deville, Weigl....
En 1942, le club est Champion du Lyonnais en DH et adopte le statut professionnel avec les Forestier, Turbil, Benacchio, Donnet, Raux, Petit, Laid, Weilenemann, Daurelle, Virage, Richardot, ...
En 1943, le club est malheureusement victime, comme les autres clubs français, de l'interdiction d'avoir une section professionnelle. Raoul Diagne termine sa carrière de joueur au FCA de 1944 à 1946.
En 1947 et 1948 , le club est deux nouvelles fois Champion du Lyonnais en DH.
Le FCA s'installe ensuite durablement en CFA. Il est le seul club avec le FC Mulhouse à s'être maintenu à ce niveau de 1948, date de création du CFA, à 1970, date de sa disparition.
Au cours de cette période, Lucien Leduc vint y achever sa carrière de joueur et y débuter celle d'entraîneur (de 1951 à 1958). Le FCA décroche alors plusieurs titres, en commençant par la Coupe du Lyonnais en 1954, puis la 1ère place du groupe Sud Est de CFA l'année suivante (1955) avec les Marchiori, Croset, Pavesi, Rousselot, Casali, Blattes, Rizzo, Colau, Coissard, Ourzifi, Giamarchi, Fontana, Pélissier, Turbil, ....
En 1959, le club remporte une nouvelle Coupe du Lyonnais.
Puis, la saison suivante (1960), arrive le titre de Champion de France Amateur avec Stanislas Golinski, entraîneur-joueur, ex-arrière central du Nîmes Olympique. Parmi les autres joueurs évoluant à Annecy lorsque le FCA joue les premiers rôles dans le championnat amateur, citons André Giamarchi (international français aux JO de Rome de 1960), Pavesi, Coco Girod, Michel, Ourzifi, Turbil, Casalis, Rizzo, Lauretti, Beveraggi, Diop, Ikonga...
En 1964, André Grillon succède à Stanislas Golinski à la tete de l'équipe première.
Au cours de la saison 70-71, le club évolue en D3 et rate de peu la montée en D2 (un match nul ramené de Martigues ne nous suffit pas pour monter à l'échelon supérieur).
En 1973, le club tombe en DH, où il y reste englué pendant sept saisons.
En 1980, le club est Champion Honneur, sous les ordres de Canzio Capaldini. Cette saison-là, il remporte également la Coupe Rhône-Alpes.
Puis, le club gravit ensuite les échelons en étant 1er de son groupe de D4 en 1984, en terminant la saison sans la moindre défaite (entraîneur = Jean-Christian Lang), puis deuxième du groupe Sud-Est de D3 en 1987-88, ce qui lui permet d'être promu en D2 en 1988 (entraineur = Georges Korac).
Le club évolue en D2 entre 1988 et 1993 avec un statut professionnel retrouvé. Ces saisons en D2 se font sous la conduite de Georges Korac puis de Guy Stephan. Le meilleur classement du club est une 9e place obtenue lors de la saison 1990-91. La même année, Annecy atteint les huitièmes de finales de la Coupe de France, en éliminant notamment l'AS Nancy Lorraine (D1).
Relégué à l'issue de la saison 1992-1993 (entraîneur = Christian Coste), le FCA ne reste pas longtemps en D3.
En effet, le 16 octobre 1993, après onze journées de championnat, Annecy abandonne sa place en D3 et se voit relégué en DHR (décision de la DNCG). Le FC Annecy est dissout et Annecy FC voit le jour. Terminant dernière de ce championnat l'équipe est reléguée en fin de saison en PHR.
Depuis cette période, le club « navigue » dans les différentes divisions des championnats de la Ligue Rhône-Alpes (1 saison en PHR, 4 saisons en DHR, 9 saisons en DH).
Après plusieurs années de reconstruction (administrative, financière et sportive), le club s'est maintenant solidement installé au sommet de la hiérarchie régionale dans toutes les catégories de jeunes (U19 en Ligue Honneur, Accession U17A au niveau National et U17B en Ligue Promotion, Ligue Élite et Ligue Promotion en U15).
La formation des jeunes est une priorité dans la politique sportive du club et sa qualité n'est maintenant plus à prouver (le club a été élu meilleur club formateur au statut "amateur" de la Ligue Rhône-Alpes de Football en 2010). Cette politique de formation a notamment été valorisée ces dernières saisons par la signature de plusieurs contrats professionnels et/ou stagiaires pro par des jeunes joueurs formés au club. Chaque saison, de nouveaux jeunes issus d'Annecy Football Club rejoignent les centres de formations de clubs professionnels.
Fort de cette solide formation, d'une organisation interne et financière assainie, le club s'attache désormais à développer un projet ambitieux pour les Seniors avec l'objectif de retrouver le Championnat de France Amateur pour 2015. L'arrivée de Michel Poinsignon en 2011 s'inscrit dans la droite ligne de cet objectif qui devient désormais prioritaire pour le club. Objectif 2015!!!!
1951-1958 = Lucien Leduc
1958-1964 = Stanislas Golinski
1964-1968 = André Grillon
1968-1969 = Léon Glowaki
1969-1971 = Stanislas Golinski
1971-1972 = Gallo
1972-1973 = Jean-Claude Lavaud et André Giamarchi
1973-1977 = Claude Rey
1977-1979 = Laffont
1979-1981 = Canzio Capaldini
1981-1987 = Jean-Christian Lang
1987-1989 = Georges Korac
1989-1992 = Guy Stephan
1992-1994 = Christian Coste
1994-1999 = Victor Mastroiani
1999-2000 = Jean-Yves Kerjean
2000-2002 = Alexandre Marinkov
2002-2003 = Franck Lebel
2003-2004 = Karim Fatmi
2004-2005 = Pascal Chavaroche
2005-2008 = Milé Dukic
2008-2009 = Alexandre Marinkov
2009-2010 = Willy Bruyas
2010-2011 = Alexandre Marinkov
Depuis 2011 = Michel Poinsignon
1927 = Louis Monnet
1933-1970 = Jean Chatenoud
1970-1972 = René Gibaut
1972-1973 = Jean Bugeat
1973-1976 = Charles Pothain
1976-1981 = René Gibaut
1981-1985 = Jean Bugeat
1985-1993 = Henri Ceccon
1993-1996 = Piqueras
1996-2002 = Jacques Gothon
2002-2003 = Dominique Baud
2003-2008 = Michel Rousseaux
2008-2009 = Michel Rousseaux et Stéphane Loison
Depuis 2009 = Stéphane Loison